انتهجت جامعة السودان المفتوحة النظام الفصلي القائم على نظام  الساعات المعتمدة، حيث يجلس الطلاب للامتحان نهايةَ كل فصل دراسي ، وينتقلون إلى الفصل الدراسي التالي بعد استيفاء النجاح. وتتكوَّنُ الخطة الدراسية لكل برنامج من مقررات موزعة على النحو الآتي:

1. مطلوبات الجامعة: وهي مقررات إجبارية لكل الدارسين.

2. مطلوبات كل برنامج دراسي: وهي مقررات إجبارية لكل  الدارسين في البرنامج.

3. مقررات تخصصية.

4. مقررات اختيارية.

5. مشروع يقدم قبل نهاية الفصل/العام الدراسي (إذا كان مطلوباً).

       يتكون العام الدراسي للجامعة من فصلين دراسيين، ويستمر الفصل الدراسي خمسة عشر أسبوعاً، ويتراوح المطلوب الدراسي الفصلي العادي من 16-22 ساعة معتمدة في الفصل الدراسي، ويتم تقويم عمل الطلاب في كل مقرر بصورة مستمرة، تبدأ من بداية الفصل الدراسي عن طريق: الاختبارات الدورية، والتقارير، وحلقات النقاش، والواجبات، والمشاريع، وتنتهي بإجراء الامتحانات الفصلية أو النهائية التي يُعِدُّها أعضاء هيئة التدريس بمركز الجامعة الرئيسي، وتُرْسَلُ إلى مراكز الجامعة المتعددة ؛ لِتُعقَدَ في وقت واحد ، على أن يتم التصحيح بإشراف المركز الرئيسي للجامعة.